La Electroforesis Capilar (Capillary electrophoresis, CE) es una nueva técnica de alta desempeño para separaciones y análisis de rutina de los constituyentes de una muestra compleja. En la cromatografía de líquidos de alto desempeño (HPLC) y la cromatografía de gases (GC) la fuerza de separación es la diferencia entre la afinidad de los componentes de la muestra y/o la diferencia en el punto de ebullición, respectivamente. Con ambas técnicas el factor más importante es la polaridad de los componentes de la muestra. En la CE la fuerza de separación es la diferencia en la carga, el campo eléctrico aplicado realiza la separación, no un flujo a través de la columna.

En la electroforesis capilar un capilar es llenado con un fluido conductor con un valor definido de pH. Esta es la solución buffer en la cual la muestra será separada; la muestra se introduce en el capilar, ya sea por inyección a presión o inyección electrocinética. Se genera alto voltaje en el capilar y así por este campo eléctrico (de hasta mas de 300 V/cm) los componentes de la muestra se mueven (migran) a través del capilar a diferentes velocidades. Los componentes positivos migran al electrodo negativo y viceversa. Al observar el capilar en cierto lugar con un detector sera visto el componente más rápido y en sucesión hasta el mas lento.